Na segunda fase da história, o conflito que começou como uma resistência local na Área 11 se expande para uma guerra em escala global. Lelouch consolida a força dos Cavaleiros Negros e desafia diretamente o Imperador Charles zi Britannia.
Duelos táticos intensificados entre o intelecto de Lelouch (Zero) e a força militar liderada por Suzaku Kururugi pilotando o Lancelot.
A revelação sobre o Culto Geass, a Espada de Akasha e os objetivos reais do Imperador para reescrever a realidade.
A conclusão em que Lelouch executa o plano definitivo para redirecionar o ódio do mundo e garantir a paz duradoura.